Внешний видМалый фламинго, как можно догадаться из названия — наиболее мелкий в семействе: его полная длина, включая ноги-ходули и длинную изогнутую шею, достигает 80—90 см, что более чем на треть меньше красного фламинго. Самец несколько крупнее самки. Размах крыльев 95—100 см, масса 1500—2000 г[2]. Наиболее заметные отличия малого фламинго от других близких видов — это форма и расцветка клюва. У малого фламинго клюв значительно более тёмный — вишнёво-бордовый, на конце чёрный. Надклювье узкое — ещё уже, чем у красного фламинго, и имеет спускающийся в глубину клюва киль, который в закрытом положении клюва полностью перекрывает все щели наружу[3]. Подклювье имеет форму луковицы и при добывании корма находится на поверхности воды, выполняя роль лодочки. По краям надклювья и подклювья развиты роговые пластинки размером 1 х 0,4 мм, называемые цедилкой, которые отсеивают все более крупные предметы[4]. Как и других видов фламинго, подвижно только верхняя часть клюва — надклювье; добывая корм, птица водит клювом по воде в разные стороны и действует языком, словно поршнем, процеживая воду и ил[5].
Окраска оперения взрослых птиц варьирует от беловато-розового до тёмно-розового. Она не генетическая, а обусловлена пигментом астаксантином из группы липохромов-каротиноидов, который поступает в организм вместе с пищей. В условиях искусственного содержания, если птиц не кормить продуктами, содержащими это вещество, они быстро теряют оттенки розового, становясь полностью белыми[5]. Крылья с чёрными окончаниями перьев покрывают всю верхнюю часть тела, хвост очень короткий. Глаза маленькие, радужина окрашена в жёлтый, оранжевый или красный цвет. Ноги неоперённые и очень длинные, хорошо адаптированы к воздействию высокой температуры (к примеру, весной в озереНатрон вода прогревается до 32—50 °C[6]) и к щелочной среде. На ногах четыре пальца, три направлены вперёд и один назад. Между передними пальцами развиты плавательные перепонки, помогающие птицам легко быстро передвигаться по неглубокому илистому дну. Малые фламинго также неплохо плавают. Голос громкий и грубый, напоминает гоготаньегусей[5]